Os 10 a 15 gêneros e aproximadamente 1.200 espécies atuais de Lycopodiophyta são os representantes de uma linha evolutiva que vem desde o período Devoniano. Evidências morfológicas
e moleculares indicam que, do Devoniano Inferior ao Médio (há mais de 400 milhões de anos), ocorreu uma divisão basal, separando um clado licófita que inclui a linhagem das licófitas atuais de um clado conhecido como eufilófitas.
O clado eufilófita inclui todas as outras linhagens de plantas vasculares atuais – as monilófitas (samambaias e cavalinhas) e as plantas com sementes. Há uma série de ordens de licófitas, e pelo menos três das ordens extintas incluíam árvores pequenas a grandes. As três ordens atuais de licófitas, entretanto, constituem-se inteiramente em plantas herbáceas não lenhosas; cada ordem inclui uma única família. Todas as licófitas atuais e fósseis possuem microfilos, e este tipo de folha, que apresenta relativamente pouca diversidade de forma, é muito característico do filo; todas licófitas são eusporangiadas. As licófitas arbóreas, tais como Lepidodendron, estavam entre as plantas dominantes das florestas que formaram as jazidas de carvão no período Carbonífero. A maioria das linhagens de licófitas lenhosas – aquelas que exibiam crescimento secundário – tornou-se extinta antes do final da era Paleozoica, há 248 milhões de anos.
Os licopódios pertencem à família Lycopodiaceae Dentre as Lycophyta atuais, talvez o grupo mais familiar seja o dos licopódios, família Lycopodiaceae. Todos, exceto dois gêneros de licófitas atuais, pertencem a essa família, que anteriormente agrupava a maioria dos seus membros no gênero Lycopodium. Sete desses gêneros são encontrados nos EUA e Canadá, porém a maioria das 350 a 400 espécies estimadas na família é tropical. As delimitações taxonômicas dos gêneros dessa família são insatisfatoriamente conhecidas, e basicamente 15 gêneros podem ser atualmente reconhecidos. As Lycopodiaceae estendem-se das regiões árticas até os trópicos, porém raramente formam elementos conspícuos em qualquer comunidade de plantas. A maioria das espécies tropicais, muitas das quais pertencentes ao gênero Phlegmariurus, é epífita e por isso raramente são vistas, porém muitas das espécies de regiões temperadas formam tapetes que podem ser evidentes nos solos das florestas. Os esporófitos da maioria dos gêneros das Lycopodiaceae é constituído por um rizoma ramificado do qual surgem ramos aéreos e raízes. Tanto o caule como a raiz são protostélicos
Os microfilos de Lycopodiaceae são, geralmente, dispostos espiraladamente, porém parecem ser opostos ou verticilados em alguns membros do grupo. As Lycopodiaceae são homosporadas; os esporângios ocorrem individualmente sobre a superfície superior dos microfilos férteis denominados esporofilos, que são folhas modificadas ou órgãos semelhantes a folha que contêm esporângios, os quais produzem esporos.
Em Huperzia e Phlegmariurus, os esporofilos são semelhantes aos microfilos estéreis e estão difusos entre estes. Nos outros gêneros de Lycopodiaceae, encontrados nos EUA e Canadá, incluindo Diphasiastrum e Lycopodium, os esporofilos não fotossintetizantes estão agrupados em estróbilos, ou cones, na extremidade dos ramos aéreos.
As espécies de Isoetes pertencem à família Isoetaceae. O único gênero da família Isoetaceae é Isoetes, com cerca de 150 espécies. Isoetes é o parente atual mais próximo das antigas licófitas arbóreas do Carbonífero. As plantas de Isoetes podem ser aquáticas ou podem crescer em lagos que secam em determinadas estações. O esporófito de Isoetes é formado por um caule subterrâneo curto e carnoso (cormo), originando microfilos com forma semelhante a cálamo – caule cilíndrico e oco de certas ciperáceas e juncáceas – na porção superior e raízes na sua porção inferior. Em Isoetes, cada folha é um esporofilo em potencial.
Como Selaginella, Isoetes é heterosporado. Os megasporângios são formados na base de megasporofilos; e os microsporângios, na base de microsporofilos, os quais são semelhantes aos megasporofilos, porém localizados mais próximos do centro da planta. Uma lígula é encontrada exatamente acima do esporângio de cada esporofilo. Uma das características que distingue Isoetes é a presença de um câmbio especializado que adiciona tecidos secundários ao cormo. O câmbio produz para fora somente tecido de parênquima, enquanto para dentro forma um tecido vascular peculiar, consistindo em elementos crivados, células de parênquima e traqueídes em proporções variáveis. Algumas espécies de Isoetes (algumas vezes colocadas em outro gênero, Stylites), encontradas em grandes altitudes nos trópicos, têm a característica única de obter o carbono para a fotossíntese a partir do sedimento no qual elas crescem, e não da atmosfera. As folhas destas plantas carecem de estômatos, têm uma cutícula espessa e basicamente não efetuam trocas gasosas com a atmosfera. Essas espécies, bem como algumas outras espécies de Isoetes, que se desidratam em uma parte do ano, apresentam fotossíntese CAM.
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